Le pain bio est d'office plus coûteux : 
 - Moins de rendements agronomiques (environ 15%) 
 - Obligation de contrôle à la charge du producteur et du transformateur. 
- La culture du blé bio, sa transformation en pain demandent plus de main d'œuvre. 
- Le cumul de ces surcoûts vis-à-vis du conventionnel, font presque doubler le prix du pain bio...